En 1836 la Desamortización de Mendizabal puso fin al vínculo de la orden religiosa con el edificio, convirtiéndose íntegramente en cuartel militar. A finales del siglo XIX, el avanzado estado de deterioro de San Telmo provocó que muchos ciudadanos instaran al Ayuntamiento a que tomase cartas en el asunto. A raíz de ello, en 1913 la torre y el claustro fueron declaradas Monumento Nacional, partes que aún hoy en día pertenecen al Estado. En 1928 el Ayuntamiento decidió comprar el resto de San Telmo e inaugurarlo como Museo Municipal en 1932.
Koldo Andoni RIAÑO YARZA
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pág.34. "El actual museo de San Telmo, es el antiguo convento de los Dominicos, llegados a San Sebastián a principios del siglo XVI. Este asentamiento fue patrocinado por Alonso de Idiáquez, Secretario de Estado de Carlos I, y por su mujer Gracia de Olazábal.
Las primeras trazas del edificio fueron dibujadas por Fray Martín de Santiago en mayo de 1542, quién ya había proyectado entre otras obras conventuales, el convento de San Esteban de Salamanca. El proyecto comprendía un convento con su iglesia, con una amplia galería y una sacristía monumental, que se unía al claustro a través del atrio.
En 1544 comienzan los trabajos con poca intensidad y con importantes cambios que redujeron el tamaño del proyecto original. La galería de la iglesia queda suprimida y la sacristía se transforma en sala capitular, quedando el claustro como centro de la zona conventual. El contrato donde se plasman los cambios realizados data de 1547. En esta fase intervinieron los maestros canteros ARANZALDE Domingo de (m. cantero), GOROSTIOLA Martín (m. cantero), ESTALA Domingo de (m. cantero), AXOBIN Martín de (m. cantero). Tras la muerte de Alonso de Idiáquez se anula el contrato y se firma uno nuevo en 1550 con los maestros canteros Martín de Bulucua y Martín de Sagárzola finalizando las obras oficialmente en 1562 pero con detalles inacabados.
La iglesia dispone de un ábside poligonal, de crucero y de capillas laterales separadas por robustas columnas que soportan las bóvedas de crucería. La nave mide 48 m. de longitud, 10 de anchura y 20 de altura. A destacar los frescos realizados por el artista catalán José María Sert, desde que en 1928 el Ayuntamiento adquiere el convento para Museo de Etnografia y Bellas Artes. Los 590 m. de murales en color sepia sobre panes de oro representan diez efemérides mas un tema dedicado a San Telmo y a San Sebastián sobre el antiguo retablo. Otras partes significativas del conjunto son la escalera principal constuida en vuelo, la fachada plateresca y el claustro de dos niveles, obra de Juan de Santiesteban en tres de sus lados, pues el cuarto es del siglo XX y corresponde al arquitecto Francisco Urcola".