Antecedentes.- La iglesia de San Miguel de Aralar es uno de los santuarios más antiguos de Navarra. A pesar de no haber ninguna referencia documental de los siglos IX Y X, parece por los restos arqueológicos encontrados en la restauración llevada a cabo entre 1969-73, nos descubren una primitiva iglesia carolingia del siglo IX. Esta iglesia prerrománica era muy sencilla, con planta de nave única y fue destruida en tiempos de Abderramán III. En el siglo XI existió una primera iglesia románica que debía ser bastante modesta, de planteamiento muy arcaico, con una sola nave y cuyo ábside se situaría en el lugar de los actuales. Dicho edificio fue consagrado en 1074. A partir de entonces tenemos noticias de que se establece en San Miguel una comunidad monástica, bajo la regla de San Agustín, obteniendo dicha comunidad una importante dotación por parte del rey García Ramírez.En la primera mitad del siglo XII y en plena prosperidad del santuario, se instituyó una cofradía que llegó a contar con cerca de 40.000 cofrades, decidiéndose la ampliación del mismo. 

La ampliación y el estado actual. La iglesia se amplía en un románico más avanzado con el cuerpo de naves y el nártex a su entrada, constituyéndose como un gran espacio abovedado.  Se trataría de una ampliación que fue consagrada en 1141 y que hoy podemos contemplar en el edificio actual.

La planta del santuario corresponde a una iglesia de tres naves cada una con cuatro tramos, las laterales son muy estrechas, más una triple cabecera en forma de ábside mayor ultrasemcircular en el interior y poligonal al exterior  dos ábsides menores poco profundos. Esta cabecera se corresponde en planta y alzado con la parte más antigua de la iglesia. A los pies del cuerpo de naves se adosa en disposición transversal un nartex, que comunica con un tránsito adosado al muro meridional de la iglesia. El santuario se eleva sobre una roca en un terreno desigual, lo que hace que el nivel del pavimento de la iglesia descienda paulatinamente desde los ábsides a los pies y desde la nave del evangelio a la Epístola o través de sucesivos escalones.

La cabecera es la parte más antigua de la iglesia propia de un primer románico que pudo ser consagrada en 1074 aunque puede incorporar aparejo de una construcción prerrománica anterior.

El interior de la iglesia es muy oscuro debido a la macidez de sus muros – aunque hay ventanas en los ábsides y en las naves- como defensa de los vientos fríos que soplan en la cumbre. Los muros son de sillar, encontrándose el aparejo más antiguo en la cabecera

La capilla interior. Muy característico del santuario de San Miguel es la capilla interior o basílica, que se halla emplazada en el tercer tramo de la nave mayor. Su planta rectangular 5,50x3,50 se compone de dos pequeños tramos. La capilla está cubierta por un tejadillo a dos aguas, a modo de pequeña casita, por cuyo alero corre una imposta jaquelada que se extiende también por los laterales sostenido por canes lisos.  Su pequeña fachada que da al interior de la iglesia está abierta por una puerta abocinada por una arquivolta de sección semicircular. Descansa sobre un par de columnillas con basas semicirculares y capiteles de palmetas que rematan en volutas y flores de forma de abanico con bolitas en los extremos de los radios, semejantes a las empleadas en el repertorio escultórico de la cercana iglesia de  Santa María de Zamarce.

 Con sus 2 m. de longitud y 1.14m. de altura, el frontal de esmaltes románico que guardó el santuario de San Miguel de Aralar es considerado la pieza cumbre de la esmaltería europea. En la actualidad una copia preside el altar del ábside mayor pero, hasta 1765 se guardaba en esta capilla interior o basílica antes descrita.