Prácticamente todos los artículos que hablan del Ayuntamiento de Hernani lo hacen empezando por la destrucción del edificio antiguo y la construcción de uno nuevo. El párrafo “A consecuencia de una granada lanzada por los carlistas desde la batería de Santiagomendi, a las cuatro de la tarde de 1875, se produjo la explosión del polvorín instalado en la Casa Consistorial que causó los efectos que registra esta fotografía” escrito sobre una fotografía del destrozo causado, son el inicio de la historia de la construcción que hoy es la sede del Ayuntamiento. El nuevo consistorio está fuera de la época de las Juntas itinerantes. De manera que su historia corre más cerca de lo sucedido en la segunda guerra carlista que de ninguna otra circunstancia. Su destrucción fue tan completa que tuvo que levantarse de nuevo, aunque conservó algunos esquemas y el sentido de la proporción de su antecesor. Los desperfectos afectaron también a la casa vicarial, pero la iglesia quedó en buenas condiciones. La antigua casa vicarial y su cubierta marcaron un hecho importante del nuevo proyecto: la línea de la altura máxima que tendría. La cornisa de la casa vicarial que se demolió señala el punto de arranque de la horizontal de la balaustrada corrida con que Ayarragaray coronará la fachada de su propuesta.
Esta forma de proceder tan respetuosa muestra su valoración de la calidad arquitectónica de la Iglesia de San Juan Bautista, construida a partir del siglo XVI, con su campanario de Francisco de Ibero del siglo XVIII. El arquitecto comprendió que su valor suponía una gran ventaja. Su monumentalidad se iba a convertir, de hecho, en el anclaje a la nueva actuación. En cuanto al antiguo edificio, el que fue destruido, era de 1673. Se trata de una arquitectura que tiene un parentesco claro con la arquitectura civil de la época de los Austrias en Madrid. Es sobrio, con una mínima concesión al adorno y de aspecto herreriano, incluyendo las dos torres cuadradas de las esquinas. Más tarde fue tildado de churrigueresco, pero en los dibujos que se conservan de él lo que llama la atención es su laconismo. El programa en planta era muy amplio, como correspondía a un consistorio de la época. Se trataba del edificio público más importante y en él se centralizaban los servicios más relevantes. En la planta baja la cárcel, los arcos y la alhóndiga. En la primera, la vivienda del jurado, la del maestro y la sala de escuela. En la planta superior quedaban la Sala de Juntas, con una galería, la vivienda del médico y el acceso al desván y al reloj. Su alzado no cerraba la plaza y dejaba huecos a ambos lados, con la casa vicarial a un lado y la alineación de las casas de la plaza por el otro.
Tras la destrucción y la petición de dinero al Estado (consiguieron la cantidad nada desdeñable de 81.585 pesetas por daños de guerra), los hernaniarras pusieron rápidamente en marcha la reconstrucción. El arquitecto al que se encomendó el encargo fue Joaquín Fernández Ayarragaray, que había nacido en Hernani en 1821 y trabajaba como arquitecto en Sevilla. Profesor de la escuela de Bellas Artes de Sevilla, académico, culto y con cierto éxito entre la clientela adinerada sevillana, en 1886 su prestigio aseguraba la solvencia del proyecto. Los trabajos de restauración y conservación en los que participó durante su carrera le llevaron a tener una cultura muy extensa sobre la historia de la arquitectura en España, lo cual le permitió moverse por el eclecticismo historicista con mucha facilidad. Dado que la plaza estaba marcada por la presencia de la iglesia, su reacción fue la de saber leer la importancia de esta pieza y plantear un telón corrido de fondo que se ajustara perfectamente al frente que había quedado destruido. Gracias a eso, su idea armoniza con la iglesia, aísla el espacio protegiéndolo de los vientos dominantes y abre en uno de sus arcos la entrada del camino real a la villa. El aspecto de la población antes y después de atravesar el arco de entrada cambia completamente. La plaza se convierte en la tarjeta de presentación de la villa y en su recibidor. El arquitecto comprendió que la fachada corrida de cierre ajustándose al solar irregular era una solución mejor que la del ayuntamiento antiguo más abierta. Y leyó con total claridad la importancia representativa de este espacio y lo demostró en la depurada composición del alzado de su proyecto. Por eso la fachada exterior y la que da a la plaza reciben un tratamiento tan distinto. La que da al camino, la que permite entrar en la villa, es cerrada y lo murario prevalece. La que da al interior de la población es muy abierta, casi calada en su base y con un piso principal de huecos generosos encajado entre la balaustrada de sus balcones y la del coronamiento. Ahí coloca el eje de simetría, ficticio, del proyecto, uniendo visualmente la serliana del balcón principal, que es curvo, frente a la linealidad recta del resto de las horizontales, con el reloj que centra la cubierta.
La fachada trasera integra a su izquierda, en el tramo curvo que se encastra en la iglesia, la casa cural. La diferencia de cota que ha de salvar el proyecto se aprecia aquí perfectamente. El solar tiene caída hacia la derecha y hacia el exterior. Esta fachada trasera es un ejercicio de integración de diversos elementos. Ayarragaray intenta en él una simetría que no funciona porque tanto la entrada como la casa cural lo descentran, pero se nota el intento de ordenar también en el alzado la problemática disposición de la parcela.En la fachada delantera el aspecto palaciego está perfectamente logrado con su planta baja perforada por arcos, un piano nobile con su orden de columnas, frontones en los huecos y una serliana central que marca el lugar correspondiente al balcón principal (en el que se disponen las banderas) y lo abre más aún, con una balaustrada curva. Todos los elementos arquitectónicos se corresponden con repertorios estilísticos que van del plateresco al tardobarroco. Los maneja con la maestría del académico, de tal manera que la mezcla es congruente y llama la atención en su conjunto más que en sus detalles, porque los elementos dispuestos son diferentes pero no dispares. Por eso es una de las muestras más elegantes del eclecticismo historicista guipuzcoano por el cuidado, incluso la delicadeza, de la composición.