Vista de la Fachada principal. Este Real Colegio del Espíritu Santo fue fundado por la Reina Margarita de Austria, esposa de Felipe III. La actual denominación de clerecía se remonta a los años posteriores a la expulsión de los jesuitas de España, cuando el templo dependió de la Real Clerecía de San Marcos.
El primer cuerpo de la fachada y la estructura de los muros hasta la cornisa fueron levantados antes de 1648 y en ellos se siguió en lo esencial el proyecto ideado por Gomez de Mora. A la muerte de este en 1648,se hizo cargo de la dirección de los trabajos Pedro Mato, quien realizó el segundo cuerpo de la fachada, las bóvedas y la cúpula. Modificó lo previsto en el proyecto original en aras de una mayor barroquización. Finalmente a mediados del siglo XVIII, Andrés García de Quiñones proyectó las dos torres y la espadaña, que añade tensión y verticalidad a esta fachada.
Vista del claustro de estudios.Este claustro es considerado como una de las creaciones más destacadas de todo el barroco europeo. García de Quiñones lo ideó en los años centrales del siglo XVIII. Se compone de un cuerpo bajo con arquerías de medio punto y un primer piso con balcones,alineados con óculos apaisados. Estos tres elementos están enlazados por poderosas columnas de orden gigante.Un ático con ventanas,flanqueadas por machones, remata el claustro.